Godine 1229., Banoštor je odlukom pape Grgura IX postao sedištem Sremske biskupije. Katolički nadbiskup je, dve godine kasnije, dao uz samostanske zgrade sagraditi i katedralu. Tako je, sve do XV veka, Banoštor bio sedište obnovljene Sremske biskupije.
Novu Katoličku crkvu u Banoštoru o svom trošku i na svom zemljištu dao je izgraditi grof Rudolf Chotek iz Futoga.
Blagoslov crkve obavljen je 17. aprila 1914. godine na spomendan svetog Rudolfa koji je i titular crkve. Kako je većina katoličkog stanovništva bila nemačkog porekla meštani su je prozvali švapska.
Odlaskom Nemaca iz Banoštora po završetku rata, crkva svetog Rudolfa je ubrzano propadala i do danas su ostali samo zidovi koji podsećaju na protekla vremena. U selu sada nema ni jedne katoličke porodice pa ipak ostaje mišljenje Zavoda za zaštitu spomenika kulture u Novim Sadu da objekat ne treba rušiti nego zbog značaja i položaja popraviti i na taj način spasiti od konačnog uništenja.